第二阶段：分析检查
这一阶段要认真抓好召开领导班子专题民主生活会和组织生活会、撰写分析检查报告两项工作。
1.开好领导班子专题民主生活会和组织生活会。乡镇党委和虽未设党委但规模较大、党员人数较多的基层单位要紧紧围绕查找突出问题形成分析检查报告这一重点，认真组织召开领导班子专题民主生活会。专题民主生活会要紧扣深入贯彻落实科学发展观这一主题，紧扣党的十六大以来本地本单位的发展实践和思想、工作实际，紧密联系领导班子和党员作风建设情况，深入查找领导班子和个人在贯彻落实科学发展观方面存在的突出问题，党性党风党纪方面群众反映强烈的突出问题，影响和制约本地本单位科学发展的突出问题，深刻分析原因，开展批评与自我批评。专题组织生活会要结合促进本地本单位科学发展、党组织和党员在学习实践科学发展观中发挥战斗堡垒作用和先锋模范作用进行分析检查，进一步提高思想认识，增强党员意识，明确整改方向。专题民主生活会召开前，要认真做好会前准备，采取多种形式广泛征求上级单位、所属机构和组织、服务对象、干部职工及群众对领导班子及成员的意见、建议。领导班子成员之间要认真开展交心谈心，沟通思想，增进理解，加强团结；要按照科学发展观要求对照检查自身存在的不足，认真撰写发言材料。会议要坚持正面教育为主，重在总结经验教训，重在提高思想认识，不搞人人过关，不纠缠历史旧帐。专题民主生活会要邀请县委学习实践活动指导检查组人员列席，也可邀请县纪委、县委组织部人员列席。
参加第三批学习实践活动的所有党员都要参加以学习实践科学发展观为主题的组织生活会，对照科学发展观的要求认真分析查找自身的差距和不足，深刻剖析问题，明确今后的努力方向。组织生活会由党支部组织召开，农村居住分散、交通不便的党员，可按照自然村寨以党小组或组建党员小组的形式召开会议。党员组织生活会可邀请非党同志列席。
2.撰写分析检查报告。撰写领导班子分析检查报告是分析检查阶段的中心环节，也是整个学习实践活动取得实效的重要环节。乡镇党委和虽未设党委但规模较大、党员人数较多的基层单位领导班子要撰写分析检查报告，提倡和鼓励其他单位也撰写分析检查报告。分析检查报告要突出检查分析问题、理清发展思路、明确改进措施这个重点，充分运用调研走访成果，充分反映本地本单位贯彻落实科学发展观的实际情况，简明扼要概述取得的成效，系统梳理存在的主要问题，实事求是分析存在问题的主客观原因特别是主观原因，明确贯彻落实科学发展观的努力方向、总体思路和主要举措。党组织主要负责同志要全程主持分析检查报告的起草工作。分析检查报告初稿形成后，召开党组织扩大会议充分讨论，并以适当方式广泛听取各方面意见，反复修改完善，使之成为推动本地本单位科学发展的指导性文件。撰写分析检查报告有难度的其他单位，上级单位和驻村指导员要帮助形成简明实用的分析检查材料。分析检查材料不拘泥于固定格式，可采用文本式、表格式、提纲式等，还可通过会议纪要、会议总结或填写分析检查简表等形式，对调研走访中征求到的意见进行认真梳理，进一步理清发展思路，明确需要整改的问题和努力方向，为制定整改落实措施打好基础。
第三阶段：整改落实
这一阶段要认真抓好制定整改落实方案、集中解决突出问题两项工作。
1.认真制定整改落实方案。乡镇党委和虽未设党委，但规模较大、党员人数较多的基层单位领导班子要制定整改落实方案。要结合学习调研的成果及群众的意见建议，以分析检查报告为主要依据制定整改落实方案，整改落实方案要做到“四明确一承诺”，即：明确整改落实的项目，明确整改落实的目标和时限要求，明确整改落实的具体措施，明确相关领导、部门和责任，使整改落实工作有章可循。其他单位要制定整改落实措施，明确整改的内容、完成时间和具体责任人。整改落实方案和整改落实措施确定后，要以适当方式向党员、群众公布，作出公开承诺。整改落实情况要向党员、群众通报，接受党员、群众监督。
2.集中解决突出问题。要把解决突出问题，实现科学发展作为学习实践活动的出发点和落脚点。要通过学习实践活动，重点解决坚定发展的意识不强、推动发展的效能不高、服务发展的环境不优、推进发展的步子不快等方面的突出问题。要集中力量、集中时间解决一些通过努力在活动期间能够解决的突出问题，特别是影响和制约本地本单位科学发展的突出问题、党性党风党纪方面群众反映强烈的突出问题。尤其要针对一些乡镇机关存在的“中梗阻”、“不落实”、“潜规则”、“不作为”、“乱作为”以及“轻服务”等作风问题；一些基层党组织软弱涣散，执行力不强，缺乏凝聚力和战斗力；一些基层党组织负责人素质不高、能力不强，缺少威信和开拓能力；一些党员干部思想不够解放、观念陈旧，缺乏改革创新精神；一些党员干部理想信念不够坚定，宗旨意识、党性观念淡化，群众观念不强等问题，要切实加以整改和解决。解决问题要坚持实事求是，尽力而为，量力而行，什么问题突出就着重解决什么问题。乡镇、村要为群众策划项目、协调参加技能培训，协助解决资金落实等。在活动期间，各乡镇要为所管辖村解决1个以上的发展难题；村、社区至少要解决1-2个突出问题。对本地本单位难以单独解决的问题，积极探索上下互动、左右联动的方式加以解决。
要按照科学发展观的要求，做好规章制度的废、改、立工作。乡镇着重健全完善科学民主决策、整合有效资源、转变工作职能、改进工作作风、服务基层群众、矛盾纠纷排查调处、党建工作责任制及相关工作管理制度。村着重健全完善村规民约、村民代表议事决策、村级民主管理等规章制度。社区着重健全完善为民服务、共驻共建、党员服务群众等规章制度。中小学校着重健全完善学习教育管理、师德师风建设、绩效考核等规章制度。医院着重健全完善内部管理、行业自律、医德医风建设等规章制度。“两新”组织中的党组织着重健全完善规范党组织活动、扩大党的工作覆盖面、充分发挥政治核心作用和党员先锋模范作用以及内部沟通协调等规章制度。
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