对于政府采购管理部门，审计机关主要审计履行政府采购监督管理职责情况，包括政府采购管理制度的制定和执行情况，编制、下达政府采购预算、采购计划，采购资金国库集中支付及其管理，以及履行其它监管职责情况等。这就要求政府采购管理部门加强采购项目预算管理，要求采购部门将政府采购项目纳入部门预算，编制具体的采购项目预算和计划。管理部门要严格审核、批复采购预算，加大政府采购资金国库集中支付的力度，从资金支付环节加强控制和管理。
政府集中采购机构是审计监督的中心环节，审计机关主要审计集中采购活动的组织管理及其执行情况，包括政府集中采购规模、采购方式、组织形式，采购活动的信息发布，委托中介机构，对招标、投标、评标、中标的组织管理，对采购合同签订及履行的管理，采购后续管理，采购各环节的内控制度，内部财务收支情况等。这就要求政府集中采购机构完善集中采购操作的运行机制，健全内部控制制度，规范采购操作流程，公开采购项目评标办法和标准，充分发挥专家决策的作用，加强采购活动及采购合同、采购档案管理等基础工作，为政府采购审计监督提供基本条件。
对于采购单位，审计机关将政府采购列入年度预算执行审计的范围，进行经常性的审计监督，主要审计政府采购收支和采购活动真实性、合法性，包括采购项目立项，采购资金来源、管理和采购预算执行情况，执行政府采购法规情况，以及采购合同的签订和履行情况等。这就要求采购单位应严格执行《政府采购法》等法律制度和采购预算，对列入集中采购目录的项目，必须委托集中采购机构进行采购，加强对政府采购各具体环节和采购物品的管理，增强依法采购的自觉性。
参与政府采购的其他各方都是政府采购审计的涉及对象，审计机关将根据情况向中介代理机构、供应商进行延伸调查。
此外，按照审计署《五年规划》的要求，今后政府采购审计中我们也考虑引入效益评价的机制。如通过采购结果与预算的对比，反映预算采购资金节约率；通过采购价格与市场平均价格相比较，反映政府采购市价节约率；通过集中采购与分散采购结果相比较，反映集中采购的效益等等。
政府采购工作是一项新的工作，涉及面广、政策性强，当前正处于全面推进阶段。审计机关今后将积极搞好与有关部门，特别是与财政、监察以及采购中心等部门单位的协调配合，加强审计监督，促进完善政府采购监督体系。对审计发现政府采购中的违法违纪问题，依法进行处理或移送纪检监察部门查处；触犯刑律的，及时移送司法机关查处；同时，注意发现和分析政府采购工作中存在的倾向性、普遍性问题，及时与财政及采购中心等部门单位沟通情况，加强协调，不断改进和完善政府采购制度，使之健康、有序地推行。
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