晚年的司马光疾病缠身，但是不把新法完全废除，他死不瞑目。于是他写信给吕公著说：“我把身体托付给医生，把家事托付给儿子，只有国事还没有托付，今天就把它交给您吧。”于是上书论免役法五大害处，请皇上下诏废除，并请求废除提举常平司;边地的策略以与西戎讲和为主;又建议设立十科荐士之法。这些建议都被朝廷采纳。
司马光被任命为尚书左仆射兼门下侍郎时，又废除了青苗法。两宫太后听任司马光行事。当时司马光功高盖主、权重无边，连辽国、西夏派来的使者也必定要询问司马光的身体起居，他们的国君对戌守边境的将官说：“大宋用司马光做宰相，你们轻易不要惹出事非，使边境出问题。”
司马光对于朝廷可谓 “鞠躬尽瘁，死而后己”。他带病处理各种事务，不分昼夜地工作。别人劝他注意身体，他却说：“人的生死是命中注定的。”病危时，他在失去知觉的情况下，还不停地呓语，说的全是有关国计民生的大事。
元佑元年(公元1086年)，司马光逝世，终年六十八岁。太皇太后听到消息后，和哲宗亲自去吊唁，追赠司马光为太师、温国公，溢号 “文正”，赐碑 ”“忠清粹德”。京城的人听到噩耗，都停工前往吊祭;岭南封州的父老乡亲，也都备办祭祖;都城和周围地区都画了司马光的遗像祭祖，吃饭时必定为之祈祷。
六、盖棺定论
司马光一生忠孝节义、恭俭正直，他安居有法、行事有礼。在洛阳时，司马光每回去夏县老家扫墓，都要去看他的哥哥司马旦。司马且年近八十，司马光不仅像尊敬父亲一样尊敬他，还像照顾婴孩一样照顾他。
司马光一生从不说谎话，他评价自己时说:”我没有什么过人之处，只是平生的所作所为，皆问心无愧百姓全部敬仰信服他，陕州、洛阳一带的百姓被他的德行所感化，一做错事，就说:“司马君实会不知道吗?”
司马光一生清廉简朴，不喜华靡。史书上记载着他这方面的许多小故事，传为美谈。就连他的政敌王安石也很钦佩他的品德，愿意与他为邻。据说，司马光的妻子死后，家里没有钱办丧事，儿子司马康和亲戚主张借些钱，把丧事办得排场一点，司马光不同意，并且教训儿子处世立身应以节俭为可贵，不能动不动就借贷。最后，他还是把自己的一块地典当出去，才草草办了丧事。这就是民间流传的所谓司马光 ”典地葬妻”的故事。
司马光的品格德行、修学治史，一直受到人们的高度评价。但对他的政绩，人们却时褒时贬。
保守派主政的时候，对其政绩大加褒扬，宋哲宗还赦令保守派的翰林学士苏东坡撰写神道碑文，洋洋几千言尽是赞美之辞。
而改革派当政时，司马光不仅漫有政绩可言，而且被列人奸相之列。宋绍圣年间，御史周铁首论 ”温公(司马光死后溢号)诬谤先帝，尽废其法，当以罪及”。朝廷不仅夺去了所有封号，而且还把其墓前所立的巨碑推倒。王安石的学生章淳、蔡京主政时，为报复司马光等人尽废新法的做法，将其与三百零九名朝臣列入”元佑奸党”，并要在朝堂和各州郡立 ”奸党碑”。
但是在立碑肘，发生了一件意想不到的事，石匠安民对蔡京说:”小人是愚民，不知道立碑的意图。但司马相公海内都称道他为人正直，现在却要列人奸党，小人不忍心做。”蔡京一怒之下便要处罚他，吓得安民一面求饶，一面哭诉：“大人的命令，小人不敢违抗。只是小人有一个请求:碑上刻匠人名字时，不要把小人安民的名字署上，以免留下千载骂名。”蔡京仔细一想，司马光虽然有错，但毕竟为人正直，享有威望，于是改变了主意，将司马光排除在奸人之外。
可见，司马光的人格不仅为百姓所称道，甚至连对手也为之 折服。在封建时代，司马光是孔门的第三个圣人，位列孔子、孟子之下，同样在孔庙享配。时至今日，人们仍记得历史上有一“涑水先生”，他给后人留下了一笔巨大的精神财富。
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